07/2010: Jonathan Cañete ist U-15 Nationalspieler für Argentinien.

11/2011: Jonathan Cañete nimmt für Argentinien an der Sudamericano Sub-15 2011 (Südamerikanische U15 Meisterschaft) in Uruguay teil.

2012: Jonathan Cañete ist U17 Nationalspieler für Argentinien (Argentina national under 17 football team).

04/2013: Jonathan Cañete nimmt für Argentinien an Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2013 (U17 Südamerika-Meisterschaft) in Argentinien teil. 

04/2013: Jonathan Cañete gewinnt mit Argentinien das Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2013 (U17 Südamerika-Meisterschaft) in Argentinien.

10/2013: Jonathan Cañete nimmt für Argentinien am FIFA U-17 World-Cup 2013 (U17 Weltmeistschaft) in den Vereinigten Arabischen Emiraten teil.