11/2015: Juan Sanabria nimmt für Uruguay an der U-15 Südamerika-Meisterschaft (Sub 15 Sudamericano) in Kolumbien teil.

2016: Juan Sanabria ist U-17 Nationalspieler für Uruguay (Uruguay national under 17 football team).

Februar 2017: Juan Sanabria nimmt für die U-17 von Uruguay (Uruguay national under-17 football team), an dem Campeonato Sudamericano Sub-17 Chile 2017 in Chile teil.

2018: Juan Sanabria ist U-20 Nationalspieler für Uruguay (Uruguay national under 20 football team). 

24.07.2018: Atlético Madrid hat den uruguayischen U-20 Nationalspieler Juan Manuel Sanabria (18) von Club Nacional Montevideo für fünf Jahre bis zum 30.06.2023 unter Vertrag genommen.

01/2019: Juan Sanabria nimmt für Uruguay an der südamerikanischen U-20 Meisterschaft (Sub-20 Sudamericano 2019) in Chile teil.